Tutti i voli per Samos atterrano all’Aeroporto Samos International, situato a soli 3 km dal centro di Pythagoreio e 14 km dal capoluogo dell’isola Vathy.
I voli diretti per Samos partono dagli aeroporti di Milano grazie alla compagnia aerea Neos Air.
Neos Air collega Milano e Samos con voli diretti verso l'aeroporto di Samos.